打破中西醫之間的壁壘，是東西方兩種認知力量的彙聚，是現代醫學向更高境界提升和發展的一種必然趨勢。

中西醫兩種認知方法的不同，就像孔子遇到的一個難題：兩個小孩爭論距離的遠近，一個小孩認為太陽剛出來的時候離得近，中午時離得遠。因為日出時大得像車蓋，到了中午就只有盤子那麼大了。遠的東西看起來小，而近的東西看起來大。另一個反對說，太陽剛升起時遠些，中午時才近些。因為太陽剛升起時涼，到中午就烤得人熱烘烘的。

其實，一個是依據分析測定，另一個則來自直覺和感受，兩者代表了人類兩種基本的認知方法。“東方文化中佔主流的認知方法一直是經驗和直覺，從整體上來認識和處理包括疾病和生命等複雜事物和問題，而不先把它們分割成一個個單元來認識”；而西方則主要是沿著“實證加推理”發展其認知方法。西醫看到的是清晰的局部，而中醫看到的是模糊的整體；類似傳統的中國水墨畫和古典的西洋靜物油畫。前者勾勒出一個輪廓，模糊而寫意，後者描繪出許多細節，精確而寫實。

但事實上，中醫的基本概念與現代生命科學有很多相似之處：中醫強調“陰陽平衡”，與現代系統生物學有異曲同工之妙；中醫強調“天人合一”，與現代西方科學講的健康環境因素十分相似；中醫強調“辨證施治”，類似於西方醫學通過藥物遺傳學為每一個病人找到最適合的藥；中醫的複方理論，實際上就是現在的西方治療學越來越強調的各種療法的綜合使用。

醫學研究應首先從人這個複雜的生物系統本身開始，在捕捉和瞭解其整體特性和規律的前提下著手進入微觀領域。也就是說應該採用從整體到局部的研究策略，先有整體，儘管開始時很模糊，但在明確人體的系統運行功能和狀態的基礎上，逐步向局部直至最小單元進行科學的還原分析，最終使之自上而下地逐層清晰化。

沿著這個思維，傳統中藥大都採用含有幾十種甚至幾百種化合物的多味藥材組成的方劑進行治療，這樣的複雜藥物體系給現代藥理評價帶來極大的挑戰，也是中醫藥被認為“說不清、道不明”的一個主要原因；如果將這許多組分的方劑視作為一個整體、一個單一組分的治療藥物，先研究其在人體內的整體生物效應，明確療效後再去看局部，或許就簡單得多或者更有方向了。

現代醫學在專業化還原的策略下分工越來越細，致使整個醫療系統和疾病治療的實施過程逐漸趨於“破碎化”。但是幾乎所有複雜性疾病都受到多基因和環境的影響，同一種疾病的不同亞型以及不同疾病之間在發生和發展過程中的共性特徵，在破碎化的診療體系下會被丟失，使我們失去不少用簡單方法進行治療或早期干預的機會。

中醫首先看的是“人”，一個缺乏明確物質基礎而相對“模糊”的整體，然後通過疾病相關臨床表型特徵再尋根溯源，逐層推斷其病因病機。但是中醫在很長的一段時間似乎一直停留在經驗和哲學思辨的層面，沒能“自上而下”地走下去，導致長期以來中醫理論無法用現代語言予以描述、中醫與西方醫學無法互通互融的格局。因此，中醫要與時俱進，不斷完善。中醫的整體觀、辨證施治、治未病等核心思想如能得以進一步詮釋和光大，將有望對新世紀的醫學模式的轉變以及醫療政策、醫藥工業、甚至整個經濟領域的改革和創新帶來深遠的影響。